مجادلات علمی از سوی فرقههای مختلف در دوران امام باقر (ع)، مطرح کرد: اقدام اساسی و بنیادین امام باقر (ع) اصلاح بنیانهای فکری جامعه و سوق دادن فرهنگ جامعه به سوی آموزههای وحیانی بود؛ البته باید دانست که امام صادق (ع) نیز در این زمینه نقش پررنگی داشته و تفکیک اقدامات امام باقر و امام صادق (ع) از یکدیگر مقداری مشکل است.