سال ۶۱ به سپاه پاسداران پیوست و یک دهه در سمت قائم مقامی ستادکل این نهاد خدمت کرد. در پایان جنگ مسئولیت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی را عهده دار شد. سال ۷۱ با حکم مقام معظم رهبری به مقام ریاست سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران منصوب شد.
همراه برادرش مجید و ۴۲ نفر دیگر که وابسته به نهضت آزادی بودند، به اتهام تلاش برای خرابکاری در جشن‌های دو هزار و پانصد ساله شاهنشاهی دستگیر شدند و ۶۶ روز در زندان به سر بردند.
ناطق نوری علاوه بر تاسیس مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی، در سال ۷۷ با ابتکار خود بنیانگذار اتحادیه بین‌المجالس کشورهای عضو سازمان همکاری‌های اسلامی شد.
ابتدای سال ۴۵ آیت الله منتظری و تعداد دیگری از روحانیون قم دستگیر شدند و دستگاه امنیتی رژیم سابق برای بازداشت کروبی هم وارد عمل شد اما وی مخفیانه از ایران به نجف اشرف رفت تا پس مدتی به کشور بازگردد اما زمستان ۲۵ و هنگام بازگشت به ایران مجدداً دستگیر و به گنبدکاووس تبعید شد.
