در باب اهمیت سمت دبیری شورای عالی امنیت ملی و گزینه‌های احتمالی برای دولت چهاردهم
نام شمخانی در موضوع شکست مذاکرات برای احیای برجام در دولت سیزدهم نیز به چشم میخورد؛ اینگونه نقل است که در بهار سال ۱۴۰۱ و درحالی‌که توافق حتمی و حسین امیرعبداللهیان برای امضای آن آماده سفر به وین می‌‌شد، به ناگاه سفر لغو می‌‌شود چراکه در آخرین تصمیمی که در شورای عالی امنیت ملی و در نتیجه اتحاد نانوشته شمخانی و دشمن شماره یک برجام یعنی سعید جلیلی رقم میخورد.