پس از بازگشت رهبر ملی حیدر علی اف به حاکمیت در سال ۱۹۹۳ روابط با جمهوری اسلامی ایران گام به مرحله جدیدی نهاد در سال ۱۹۹۴ سفر رسمی پیشوای والا حیدر علی اف به ایران دیدارهای ایشان با رهبر معظم انقلاب حضرت آیت الله سید علی خامنهای رئیس جمهور وقت آیت الله هاشمی رفسنجانی و دیگر مقامات این کشور پایههای همکاری بین دو کشور در زمینه های اقتصاد ،تجارت، فرهنگ علم و فناوری را بنا نهاد و فضای اعتماد بین دو کشور را تعمیق بخشید و اعلامیه ای شامل 13 ماده در خصوص روابط دوستانه بین دو کشور به امضا رسید.